Теоретически можно попробовать вернуть его в состояние FAT, но это чревато потерями, и на практике я с этим не сталкивался. Лучше всего, если надо защищать файлы, иметь и раздел NTFS, и раздел FAT(32) - первый для работы (к примеру), второй для игр (тоже к примеру).