Скопировать все данные, форматировать, вернуть скопированные данные.
Вопрос такой, зачем? Фат не позволяет создавать файлы больше 4ГБ, имеет скромное ограничение на длинну имени файла, не журналируем (в случае ошибок могут быть потерии данных), склонен к фрагментации.